O Núcleo Museológico da Alfaía Agrícola de Estremoz nasceu de pequenas mostras de alfaias agrícolas nas Feiras de Artesanato de Estremoz, que deram origem a uma grande exposição na Feira Internacional Agro-Pecuária e do Artesanato de Estremoz, a qual ocorreu de 1 a 8 de Maio de 1987, onde estiveram expostas mais de 4 mil peças recolhidas pelo Sr. Crispim Vicente Serrano (funcionário da CME).
De salientar o valioso trabalho de recolha nas Casas de Lavoura da região realizado pelo Sr. Crispim, que sabia exactamente o que queria para valorizar e completar a colecção e também onde ir buscar as peças. Um fantástico trabalho de recuperação das peças foi também efectuado por uma equipa da CME, liderada por este funcionário da autarquia, na Horta do Quiton. Deste espaço cerca de quatro mil peças foram transferidas para um imóvel devoluto da EPAC, sito na Rua Serpa Pinto. Apenas em 15 dias o Prof. Joaquim Vermelho, com o auxílio de trabalhadores da CME, montou uma exposição temporária neste referido imóvel, que seria então apresentada durante mais uma FIAPE.
No entanto, por manifesta vontade da comunidade e da autarquia, esta vasta exibição passou de temporária a permanente, ficando este mesmo imóvel como o Museu da Alfaia Agrícola.
Entretanto já estava activa uma Comissão da Alfaia Agrícola, onde um conjunto de cidadãos estremocenses preocupados com o desaparecimento da memória local ao nível da agricultura, uniram esforços para dinamizar culturalmente o espaço, e pressionarem instituições locais, regionais e nacionais para que estas não deixassem de actuar, de modo a que tão importante e significativo acervo não desaparecesse.
Através desta pressão, e com uma actuação sempre activa da autarquia, o Departamento de Etnologia do Instituto Português do Património Cultural, envia o Prof. Dr. Henrique Coutinho Gouveia para este estudar a possibilidade de fazer desta vasta colecção um Museu de Agricultura Regional. Em Março de 1989 o estudo é concluído e é entregue uma proposta de projecto para apreciação. Por motivos diversos, o projecto não teve qualquer concretização.
Entretanto o Museu vê reconhecido o estatuto de Manifesto Interesse Cultural da parte da Secretaria Regional da Cultura, o que lhe permitia, teoricamente, aceder ao Mecenato cultural, situação que nunca se veio a concretizar.
Na década de 90 aqui funcionou um curso de Património e Museologia da EPRAL, cujo objectivo era ligar os alunos ao Museu, aprendendo estes museologia através desta instituição. Neste ponto é de salientar a intervenção sempre pró-activa do Prof. Joaquim Vermelho.
No dia 18 de Janeiro de 1996 celebrou-se a escritura de constituição da ETMOZ, Associação Etnográfica e Cultural de Estremoz, cujo objectivo era apoiar e incentivar a recolha, conservação, valorização e investigação do património cultural e ambiental das comunidades da região. Esta associação, que veio formalizar a Comissão da Alfaia Agrícola, ficou a gerir o Museu através de um protocolo que fez com a CME, deixando de ser somente a entidade que dinamizava o espaço. Este protocolo evoluiu para outras formas de colaboração em 2003, ficando a partir desta data a autarquia com a gestão das colecções e imóvel.
Aqui se desenvolveram também, a partir de 1998, actividades ligadas às escolas primárias e jardins de infância, através de uma parceria entre o Projecto Escolas Rurais, e a ETMOZ, projecto este que durou até 2002.
Por razões de segurança o imóvel foi fechado a visitas em Abril de 2004. Em 2010, no segundo semestre, o acervo do Núcleo Museológico começou a ser transferido para um armazém da EPAC sito na Agrigénese.
A 25 de Junho de 2013 reabre ao público, sob a forma de "Reserva Visitável".